番茄生产过程中经常出现生理性病害，对产量和品质影响很大。最常见有畸形果、空洞果、脐腐病、裂果、筋腐病、日灼病、着色不良等。
畸形果
主要发生于花芽分化及发育时期，在低温、多肥（特别是氮素营养过剩）、水分和光照充足条件下，易形成畸形果；在营养不良条件下容易形成尖顶果。为防止畸形果发生，育苗期间温度不宜过低，水分及营养必须调节适宜。
空洞果
一是开花时不能正常受精，果内无子，形成空洞果。二是使用生长激素时，由于浓度过高，或在蕾期处理，易产生空洞果。栽培中采用人工受粉、适时适量使用激素，可避免空洞果发生。
脐腐病
缺钙是发生脐腐病主要原因，造成果实缺钙有3个原因：一是土壤缺钙；二是地温高、土壤干燥、土壤溶液浓度过高，特别是钾、镁、氨态氮过多，影响植物对钙吸收；三是在高温条件下，钙在植物体内运转速度缓慢。
裂果
一般大果品种及成熟果容易出现裂果，特别是在果实肥大初期，高温、强光及土壤干燥条件下，遇降雨或大量灌水，果实迅速膨大而产生裂果。防止裂果，除选择抗裂果品种外，应避免果实受强光直射，结果期保持土壤湿度。还可增施硼素肥料，增强果皮可塑性。
筋腐病
分褐变型和白化型，两种类型都是由多种不良条件诱发的病害。防止筋腐病，应创造番茄正常生长的适宜条件，适当增施钾肥，氮肥要以硝态氮为主。
日灼病
在夏季高温季节，由于强光直射，果肩部分温度上升，部分组织烫伤、枯死，形成日烧病。叶面积较小、果实暴露或果皮薄的品种易发病。
为防止日灼病，应采用遮阳网等方式为作物遮阳、减光和降温，或提前喷施保护剂增加植株的抗逆性及加强通风、适时浇水等综合措施，减少高温及强光对作物的伤害。在结果期避免果实日灼，最好采用圆锥架或人字架，绑秧时将果穗放在架内叶荫处，适当增施钾肥。
着色不良
果实充分肥大后，其着色好坏除与温度有关，还与营养素供给有密切关系。氮、钾、硼缺乏时，果实着色不良。果实膨大盛期，果内水分缺乏，也会着色不良。所以，生产上要控制好温度、水分，注意均衡营养。
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