1、病害：
(1)软腐病：又称细菌性褐斑病，多从根茎处侵染，也可发生于叶片上，初生水渍状暗绿色小斑点，逐渐扩大呈褐色软化腐烂状，腐烂部位有分泌物流出，并伴有臭味。病菌可借浇水传播。高温高湿有利于病害发生，一旦发现感病植株应及时隔离销毁，并用农用链霉素、波尔多液或甲基多硫磷等药物防治。
(2)黑斑病：是危害石斛兰的主要病害，发生部位为叶片。初期为褐色小斑点，以后扩大呈近圆形病斑，中心部坏死，病斑呈灰褐色，直径0.5～1.0cm。发病严重时，病斑相连成片，造成叶片发*而脱落。
2、虫害：
(1)蚜虫：主要危害石斛兰幼嫩叶片、花蕾等，以刺吸式口器刺入表皮吸取植株液汁养分，引起叶片、新芽变形枯萎，同时还可以引发病害侵入。防治方法：加强通风，改善栽培环境，结合药物喷洒，可用20%杀灭菊酯倍液，40%氧化乐果倍液喷洒防治。
(2)介壳虫：石斛兰栽培中的常见害虫，主要寄生于叶背或叶鞘内。发生于空气湿度低，通风较差的环境。危害初期叶片发*，影响光合作用，严重时植株死亡或不能正常生长开花。除加强通风外，少量发生时，可用软刷刷除。药物防治采用50%马拉硫磷或25%蚧死净～倍液每周喷施一次，连续喷施3～4次。
(3)蜗牛和蛞蝓：长期潮湿或梅雨季节比较多见。夜间爬出咬食石斛兰的新芽或根尖，造成生长严重受阻。可以清除地面杂草、苔藓;少量发生时进行夜间人工捕杀或地面及墙角撒生石灰驱杀;大面积发生时可用80%灭蜗灵或90%敌百虫药物来处理。